L'Istituto, fondato nel 1956, è intitolato a Sante Cettolini, eminente studioso dei problemi agrari sardi nonché direttore della Regia Scuola di Viticoltura ed Enologia di Cagliari dal 1899 al 1921. Inizialmente l'Istituto offriva un solo indirizzo di studio, quello di esperto coltivatore, limitato ad un corso biennale al quale si poteva accedere con la licenza media inferiore, la licenza d'avviamento professionale o con la licenza elementare, integrata dalla frequenza ad un corso propedeutico di durata annuale, che si svolgeva nell'Istituto stesso. L'istituto era composto inizialmente da sette sedi: Senorbì, Santadi, Villamassargia, Muravera, Assemini, Oristano, Santu Lussurgiu.

Nel corso degli anni si è avuta la chiusura delle sedi di Santu Lussurgiu e Assemini, il distacco della sede di Oristano a seguito dell'istituzione della nuova provincia e l'apertura di una nuova sede a Villacidro. Nei primi anni '80 tutte le sedi operanti ottennero l'istituzione della classe terza. Il corso di studio si concludeva con un esame, dopo il secondo anno, per il conseguimento della qualifica professionale di Esperto Coltivatore.

All'inizio degli anni '90 è stato istituito il "Progetto '92" che ha comportato una significativa trasformazione dell'ordinamento didattico negli istituti professionali. Il corso prevede l'esame di qualifica al termine del terzo anno e la possibilità di proseguire in un biennio di post-qualifica per il conseguimento del titolo di Agrotecnico.

Dal 2009 l'Istituto di Santadi è stato accorpato, insieme all'istituto di Villamassargia, all'Istituto tecnico commerciale "Beccaria" di Carbonia, è nato così l'attuale l'Istituto di Istruzione Superiore "Beccaria"